Eder Militão reapareció con el Real Madrid en las semifinales del Mundial de Clubes ocho meses después de sufrir una rotura completa del ligamento cruzado anterior con afectación de ambos meniscos en la pierna derecha.

El brasileño se lesionó el 9 de noviembre de 2024 en un partido contra Osasuna en el Bernabéu, correspondiente a la 13ª jornada de Liga. Diez días después, fue intervenido quirúrgicamente y, a partir de ahí, arrancó un largo proceso de recuperación que ha culminado con su vuelta a los terrenos de juego frente al PSG. Tras varias semanas entrenando junto a sus compañeros, Militão arrancó el partido en el banquillo y en el minuto 64 sustituyó a Asencio.